Presumo che tu intenda che i giri siano oltre i 2k, se fossero oltre i 20k penso che otterresti un diverso tipo di rumore dal vano motore.
Dalla descrizione sembra che tu abbia un syncro danneggiato, specialmente se questo accade quando stai cambiando in 3a. Su non dovrebbe fare un rumore così brutto, ma se il syncro è davvero in via di estinzione (cosa che la tua descrizione suggerisce che lo sia, dato che è peggiorato nel tempo) avrai il rumore anche nelle cambiate in salita.
Praticamente l'unico modo per risolvere il problema è tirare il cambio e sostituirlo con uno revisionato o smontarlo e sostituire i sincronizzatori. Puoi anche sperare di non aver danneggiato/rovinato qualche ingranaggio, questo renderà la riparazione ancora più costosa. Come probabilmente puoi già intuire, non sarà una riparazione economica.
Nel frattempo ti suggerirei di usare la doppia frizione e di far combaciare i giri nei cambi di marcia (cioè frizione - ● scatola in folle - ● acceleratore a manetta - ● frizione e passare alla marcia inferiore) e di usare cambi di marcia più lenti per prolungare la vita del cambio fino a quando non potrai ripararlo. Non ha senso cercare di cambiare marcia il più velocemente possibile (anche su una pista, il guadagno è minimo) ma è molto difficile per la scatola.