L'unica pompa che funziona sarebbe per il sistema ABS. Se state cercando di spurgare quel sistema (ABS) dovreste far funzionare la pompa, se state solo spurgando i freni di base non avreste bisogno che la pompa funzioni.
Per esempio avete cambiato una pinza e dovete spurgare i freni, non c'è bisogno di far funzionare la pompa. Se invece si cambiasse il modulatore dell'ABS, sarebbe necessario far funzionare la pompa e fare alcuni passi aggiuntivi nella procedura di spurgo.
Per un chiarimento basato sul commento di @Ehryk.
Honda usa un motore ABS per pressurizzare l'accumulatore nel sistema ABS. Le procedure di spurgo di fabbrica per il sistema ABS e per la sostituzione del liquido dei freni richiedono entrambe il funzionamento del motore in punti specifici della procedura di spurgo. Questo può essere fatto avviando il motore e lasciandolo girare per un minuto o giù di lì, o collegando un computer all'auto e ordinando al motore di girare.
Ecco un link a un video su Youtube che spiega la procedura.
Altre informazioni qui anche se è per un modello precedente. Credo che il 2003 abbia il motore montato direttamente sul gruppo modulatore.